É possível fazer a configuração para emitir notas automaticamente, após a geração em lote.
Essa operação só é possível se o certificado digital A1 estiver configurado em sua conta.
Posicione o mouse sobre o ícone da engrenagem 
> Todas as Configurações > Notas Fiscais > Configurações de NFe > Configurações Gerais.
- Na opção 'Emitir NFe automaticamente após geração em lote (Somente Certificado A1)', selecione a opção 'Emitir para todas as NF-e'
- Ao selecionar essa opção, você também pode escolher se deseja enviar a nota automaticamente para o cliente após estar autorizada
- Feito isso, salve as configurações
As notas geradas a partir deste ajuste, serão emitidas automaticamente.