Causa
Uma Nota Fiscal (NF-e) pode estar referenciada em algum Conhecimento de Transporte (CT-e) ou em um Manifesto Eletrônico de Documento Fiscal (MDF-e). Quando isso acontece, ela não poderá ser cancelada, enquanto esse documento fiscal (CT ou MDF) não for cancelado.
Como Resolver
Para conseguir cancelar a sua nota 
, é necessário solicitar o cancelamento desses documentos auxiliares para sua transportadora.
Após solicitar o cancelamento, você pode consultar o status destes documentos (se ainda estão autorizados ou se já foram cancelados) no Portal da NF-e do seu estado pela chave de acesso da sua nota.
Após cancelar esses documentos, será possível cancelar a nota fiscal