Para realizar a baixa (pagamento) parcial de uma conta a receber, acesse o menu Financeiro > Contas a Receber:
- Localize a conta do cliente, e na mesma linha, clique nos três pontos
- Clique em 'Baixa parcial do recebimento'
- Na seção 'Lançamentos selecionados', localize o campo 'Valor recebido' e digite o valor que foi pago
- Clique em 'Baixar pagamento'
Após salvar, a conta ficará com a situação 'Recebida parcialmente'. A situação na cor vermelha significa que está atrasada, e na cor verde representa que está em dia.
Links úteis:
Como lançar contas das minhas vendas? 
Como dar baixa em contas?