A partir da versão 267 será possível escolher o depósito de estoque que deseja utilizar nas notas fiscais de devolução.
Para que isso, basta gerar a devolução e selecionar o depósito de estoque no campo 'Depósito'.
Para que seja possível selecionar o depósito, é preciso habilitar a opção 'Lançar estoque ao emitir ou cancelar nota' nas configurações de notas fiscais.