Para a desativação correta da funcionalidade do fulfillment do Mercado Livre, é necessário que seja seguido o fluxo descrito abaixo:
Configuração da Conta Fulfillment
Acesse o menu Preferências > Integrações > Configurações de integração com Lojas Virtuais e Marketplace e acesse sua integração habilitada do Mercado Livre.
Clique na aba 'Pedidos', à esquerda da tela e altere a opção 'Importação de Pedidos' para a opção Exceto Fulfillment.
Feito isso, clique na aba 'Filial' à esquerda da tela, e desative a Unidade de Negócio que corresponde a sua filial Fulfilment.
Salve a integração.
IMPORTANTE
Caso você utilize essa configuração somente para o Fulfillment, será necessário desativar a importação automática de pedidos. Para isso, entre na aba 'Integração automática de pedidos' e desative a importação automática.