O módulo de Relatórios customizados possui uma ferramenta de geração de gráficos personalizados.
Para acessar a ferramenta, posicione o mouse sobre o ícone da engrenagem 
> Todas as Configurações > Sistema > Relatórios customizados.
Em seguida, clique em um relatório que possui os dados que você deseja ver resumido em gráfico.
Os campos mostrados no gráfico são os mesmos campos configurados para aparecer no relatório.
Ou seja, se deseja exibir ou retirar uma informação de seu gráfico, primeiro configure um relatório com os campos desejados.
Veja mais detalhes no artigo de Relatórios 
Após configurar os campos do relatório, clique nele, e em seguida clique em 'Pivotable'.
Para cada relatório, serão gerados campos diferentes para o tipo de gráfico (1) e tipo da exibição de valores (2).
Clique no valor que deseja ver e arraste para o quadro de baixo, para inserir esse valor no gráfico.
Após escolher os valores, escolha o tipo de gráfico que deseja configurar entre as opções disponíveis.
Em seguida, escolha como deseja exibir esse valor, cada tipo de exibição traz opções diferentes para relacionar (vs).
Na opção mostrada como exemplo abaixo, foi escolhido relacionar a média(y) vs. o valor pago(x).
Ao clicar sobre um valor escolhido para ser exibido, você pode filtrá-los.
As configurações são salvas automaticamente.