Se necessário, você pode alterar o CNPJ cadastrado em sua conta.
Em caso de filial, é possível cadastrá-la em sua conta. Veja como cadastrar uma filial no sistema 
Para alterar o número do CNPJ da sua conta, acesso o menu Preferências (
) > Empresa > Alterar dados da empresa
Altere a informação do campo CNPJ.
Lembre-se que só é possível realizar emissão de notas fiscal com CNPJ credenciado e condizente com o Certificado Digital configurado no sistema.
Só é possível trocar o CNPJ da conta se você não possui integrações com vínculo a ele, como por exemplo, a Bling Conta, que precisa de verificação do CNPJ para operar.