A nota de devolução/anulação de frete é utilizada quando se recebe um conhecimento de transporte com valor errado.
Para gerar esse tipo de nota, você precisa primeiro configurar uma nova natureza de operação.
Para isso, entre no menu Preferências 
> Todas as Configurações > Notas fiscais > Natureza de Operação > Incluir Natureza.
- Coloque o nome: Anulação de valor relativo a aquisição de serviço de transporte
- No tipo, deixe como Saída
- As opções Faturada, Consumidor Final e Operação de devolução, devem ficar desativadas.
- Nas regras de tributação, insira o CFOP x206, assim o sistema verifica se é para dentro ou fora do estado e preenche automaticamente o x (com 5 ou 6). Além disso, no ICMS informe como 900 - Outros, na situação tributária.
Na aba PIS, coloque o código 08 - Operações sem incidência da contribuição, deixando a alíquota zerada.
Na aba COFINS, coloque o código 08 - Operações sem incidência da contribuição, deixando a alíquota zerada.
Na regra de IPI, coloque a operação 53 - Saída não-tributada.
Salve a natureza de operação configurada.
Insira a nota no menu Vendas > Notas Fiscais > Incluir uma Nota Fiscal.
Selecione a sua nova natureza e insira os dados do destinatário (transportadora).
No Item da nota fiscal (Campo de produtos) preencha da seguinte forma:
- Insira um item com o nome de Anulação de valor relativo à aquisição de serviço de transporte
- Na unidade insira UN, ou informe a sigla da unidade de algum dos produtos da nota original
- Na quantidade preencha com 1
- O preço unitário deve ser o valor do frente a ser devolvido
- No campo de NCM insira 0000.00.00
No campo Informações complementares no final da nota, informe os dados do CT-e no lugar do xx:
Referente ao CT-e número XXX, série XX, chave XXX, emitido em xx/xx/xx
Esses dados podem ser obtidos em contato com a sua transportadora.
Ao finalizar, salve a nota e envie para a SEFAZ autorizar.