Para realizar a baixa (pagamento) parcial de uma conta a receber, acesse o menu Finanças > Contas a Receber:
- Localize a conta do cliente, e na mesma linha, clique nos três pontos
- Clique em 'Baixar'
- Clique em 'Mais Ações', digite o valor que foi pago
- Clique em 'Salvar'
Após salvar, a conta ficará com a situação 'Parcial'.
Caso a parcela esteja em atraso, a situação será 'Parcialmente Recebida e Atrasada'.
Links úteis:
Como lançar contas das minhas vendas? 
Como dar baixa em contas?